对科研的热爱，加上勤勉用功，让柯荣秦在瑞典乌普萨拉大学读博士时期就完成了一项开创性技术的研发。这项名为“RNA原位测序”的技术，成为细胞与组织基因表达异质性的研究的一种新手段，为一些基础研究提供了新思路。最终，该技术入选2013年《Nature Methods》的年度方法学，并被包括《科学》在内的多个权威杂志报道。