1937年八一三抗战爆发后，章乃器转赴香港。抵港后不久，章乃器应第五战区司令长官李宗仁之邀，前往安徽前线工作。途经武汉时，章乃器到中共办事处与周恩来长谈。周恩来勉励他：到安徽后彻底执行释放政治犯的方针，搞好同新四军的合作。
肇基兄：我们的死生不在乎，却不能使救国运动有丝毫损失，请注意。
“非攘外无以安内”
在抗日战争全面爆发的形势下，七君子于1937年7月31日获释。
吴铁城以为只要把主持会务的章乃器制服，就可以瓦解救国会。“鸿门宴”后不久，浙江实业银行受到吴铁城的压力，不许容留章乃器。章乃器认为救国会是关系到国家存亡的事业，既然救国与事业不能两全，便当场辞职。章乃器早已下定了毁家纾难的决心，为了支付救国会的活动经费，他用光了所有的积蓄，又卖掉了洋房。
黄郛当场被驳得哑口无言。后来，章乃器就创出了“唯武器论”这个名词，用以形容那种迷信“武器万能”，专以武器装备优势推断战争胜负的亡国理论。1935至1936年间，他写了《我绝不悲观》《辟一套亡国论——唯武器论和唯武器史观》《四年间的清算》等文章，感情充沛，语言犀利，在人民群众特别是青年中有很大的号召力。救国会的各种文件、宣言，也绝大部分出自章乃器的手笔。他文思敏捷，倚马可待，起草宣言时常常是大家边聚餐边讨论，吃完饭他的文稿也写好了，略加修改即送发表，因此博得了“宣言专家”的雅号。
为实现这一政治主张，章乃器在一二八事变后和上海文化界人士沈钧儒、邹韬奋、陶行知、李公朴、周新民等组成了一个10人小组，以聚餐会的形式进行活动，这个组织就是“救国会”的前身。
1936年11月23日凌晨，救国会领袖沈钧儒、章乃器、邹韬奋、王造时、李公朴、沙千里、史良在上海被捕，这就是轰动一时的“七君子事件”。
有一次，章乃器见到素有蒋介石“智囊”之称的黄郛，黄认为日本军事装备的优势无法战胜，还举铁路运输为例说：日本的火车节数、容积与军事单位的人数、士兵背包体积成标准比例，动员起来十分迅速。现在空谈抗日，拿什么去抗呢?甚至说，要救国先要拜日本为师，把抗日救国会改为“师日救国会”。
在以后几年中，又接连发生九一八事变、一二八事变，民族危机日益严重。章乃器于1933年间发表《现阶段的对日问题》等文章，抨击“剿共”内战政策，提出“全国枪口一致对外”“移剿共之师以抗日”。他质问国民党当局：“‘攘外必先安内’这是什么话?依照现阶段的形势，我们应该说‘安内必先攘外’，或者‘非攘外无以安内’”。
当时的安徽省由桂系的李宗仁担任省主席(后改为廖磊)，共产党员周新民、张劲夫、陈国栋、狄超白以及进步人士朱蕴山、朱子帆、余亚农等都在这里工作。李宗仁原拟请章乃器担任省政府秘书长，因蒋介石不同意，遂改任为省动员委员会秘书长，不久又任命为省政府财政厅长。
1935年12月，一二九运动爆发，章乃器等人在原秘密小组的基础上，公开成立了上海文化界救国会，不久又组成了上海各界救国联合会。章乃器是两者的常务委员，主持日常会务和宣传。
章乃器等被捕后不久即由租界移至上海羁押，不久又解赴苏州高等法院看守所。在上海羁押时，沈钧儒和章乃器递出一张字条，转交给职业界救国会的周肇基，上面写着：
七君子在狱中威武不屈，英勇斗争，坚决拒绝写有损人格的悔过书以换取自由，他们义正辞严地宣告：“自问无罪，天下亦尽知其无罪，为国家民族前途计，亦终认救国无罪四字应令永留于史册。”在“苏州审判”中，七君子在国内著名律师组成的律师团配合下，同检察官进行了唇枪舌剑的交锋，把法庭变成了抗日救国的讲坛。
1936年5月31日，全国18省60多个救亡团体的代表在上海集会，成立了全国各界救国联合会(简称“全救”)，选出宋庆龄、何香凝、马相伯、沈钧儒、章乃器、陶行知、李公朴、王造时、沙千里、史良、孙晓邨、曹孟君、何伟、张申府、刘清扬为常务委员。大会通过了章乃器起草的组织章程和《抗日救国初步政治纲领》，明确提出了组织救国阵线、促成“统一的抗敌政权”等政治主张。
本文所记述的，就是当时的几个小故事……
章乃器上任之日，即大刀阔斧地清除积弊陋规，惩办贪官污吏，改革税收、发行辅币，短短三个月内，财政就变得收支平衡而略有盈余。他十分重视与共产党的合作，大胆任用李人俊、范醒之等党的干部，并以统一税收的名义，每月补助新四军3万银元。董必武到大别山时，还特别去同他长谈，就统一战线问题交换意见。
救国无罪
1928年5月，新开迷失传奇sf，日本帝国主义在济南制造了著名的“五三惨案”。章乃器在他主办的《新评论》半月刊上连续发表文章，大声疾呼：“完全为着民族的生存起见，不能不向日本帝国主义者宣战!”结果，《新评论》在同年10月被查禁。