由于局势混乱，已经在次大陆立足的英国东印度公司也被迫加入战局。起初，英国人以孟加拉和孟买为基地，尝试与值得信赖的本地强权合作。但在没有人可以笑到最后的时代，这种尝试总是给英国人自己带来巨大伤害。加上老对手法国人的挑拨，印度在整个18世纪都不乏向英国人进攻的土邦势力。
奥朗则布与他的2个兄弟
在接下来的10年里，莫卧儿人一直没有取得预期的伟大结果。直到1685年，奥朗则布开始御驾亲征，才在1686年9月征服比贾普尔。一年后又降服高康达，到1689年攻破再次起义的马拉特首都赖伽尔。至此，除了半岛南方一小片区域外，整个次大陆都落入奥朗则布手里。领地的扩张也为帝国带去了大量人口，但他们的宗教信仰却成为了奥朗则布头疼的问题。
阿克巴大帝死后，他的儿子萨利姆即位，继续靠东征西讨获得了多个新附庸国。公元1627年，在萨利姆逝死后，其子库拉姆即位。他继承父亲的遗志，继续向德干挺进。
善于机动作战的马拉塔人
到1672年，西北边境的帕坦人又发动叛乱。1675年，原本对莫卧儿人有好感的旁遮普锡克人也开始起义。1678年，西北的拉奇普特宣布自己重新独立......
由于来自北方的中亚地区，莫卧儿宫廷一直信仰伊斯兰教。但在南下印度河流域时，他们不得不同时管理起穆斯林与传统印度教徒。这个问题也在奥朗则布的大扩张中被继续放大。
在南方，印度的马拉特人也没有闲着。他们在1754-1756年之间北上，夺取了莫卧儿人的恒河流域领地。接着又在1757-1758年夺取了首都德里，并开始进军富裕的旁遮普。
作为回应，英国东印度公司被迫不断加强自身武备，并逐步接管了一些邦的实际控制权。奥朗则布的后裔们，反而在这个阶段成为了受益人。直到19世纪中期，他们被迫交出了已经拥有300多年的印度皇帝头衔。
奥朗则布需要大量新的收入 供养庞大军队
高高在上的奥朗则布
在印度作战的英国军队
至此，莫卧儿帝国在实际上已经不再是可以左右印度次大陆的力量。印度的命运基本上就掌握在北方的阿富汗人与南方的马拉塔人手里。
马拉塔人（黄）实际上已经颠覆了莫卧儿帝国
16世纪南下的莫卧儿人
今天的印巴矛盾，虽然是19世纪末才开始萌发的民族主义情绪，但在历史上也未必属于新鲜事。莫卧儿王朝的重要君主奥朗则布，就是这层对立情绪的制造者这一。然而，在故事刚刚开始的时候，他的初衷却是希望将整个印度都整合起来。
1671年，莫卧儿宫廷又将各级税务机构内的印度教徒驱逐。在1679年，帝国开始重新对印度教徒征收废除已久的人头税，并残酷镇压了反抗群众。最后在1695年，奥朗则布要求进一步禁止印度教徒骑马、乘坐轿子和大象，并且不许他们进行宗教活动。
德里皇宫外的莫卧儿士兵
四处烽烟的局势让奥朗则布头疼不已，他亲自率领军逐个镇压起义者，但并非每次都能获得成功。长期疲于奔命的状态，迅速消耗了本就不多的国力。更为严重的是，南下的征服行动也常常被后方的起义所拖累，各地总督因为难以扑灭的起义而拥兵自重。这些问题加在一块，久而久之就成为了削弱和瓦解莫卧儿帝国的主要原因。